cygwinのmakeには多分割と知られている微妙な問題があります。
依存ファイルのパス名が’:’を含んでいると、
*** multiple target patterns. Stop.
と出て、止まってしまうんです。絶対パス名でドライブ名から書いたら確実に引っ掛かります。
cygwinはWindows専用なんだから対応してくれればいいのにと思うんですが、”/cygdrive/c/”形式で書けばいいということなのか、結構新しい版（GNU Make 3.82.90）でも対応されていません。対応する気が無いのかも知れません。
この問題を解決するために別に3.81版にパッチを当てたMake.exeが配布されているので、タンゴレンではそちらをダウンロードして本家CygWinのMake.exe を置き換えて使っています。少し古いバージョンですが、Make.exe自体は最新である必要はないので充分です。
パッチの当たっているMakeはこちらで公開されています。
⇒ http://www.cmake.org/files/cygwin/make.exe
このあたりの情報はこちら↓のメーリングリストから得ています。
make 3.81 bug – error: multiple target patterns. Stop.
http://cygwin.com/ml/cygwin/2009-03/msg01103.html